鼓浪屿的别墅都有一个庭园，有大有小，有深有浅，大多按主人的爱好修建，也反映了主人的文化素养、审美标准。有的庭园把别墅衬托得幽静高雅，有的则简单粗俗。许多别墅的庭院至今仍保留着当年的气韵，人们往往赞美庭园比赞美别墅本身还甚。
　　黄家花园的庭园范围颇为宽广，三幢别墅点缀于古榕、青榆、红枣、刺桐、香椿、腊梅、香樟、芙蓉、修竹之间，形成了幽雅的环境。尤其是中楼前的内花园，雕琢得颇时代化，置身于二楼阳台观景、晨练、纳凉，是一种颇有意趣的享受。当年还能看到洋人球埔上的球戏，现在则可观赏足球赛、运动会。解放后，这里一直是宾馆，庭园仍不感迫窄。
　　李清泉别墅的庭园以人工造景为主，可称得上是鼓浪屿人工造景的代表作。一进门就是水泥峭壁假山，山上修了观景亭，嶝道盘旋而上，可以远眺厦鼓海峡风光，并有居高临下的伟岸感。园内水池是西洋风格的，四周曲径铺人工打制的彩色花岗岩卵石，组成美丽的图案，为别墅增添了美感，显示了主人的匠心。最为惹人注意的是那五株高大挺拔的南洋杉，杉尖超过别墅而刺入蓝天，在厦门渡头就能看见，据说它与别墅同龄，且有李清泉父子经营木材发家的象征！
　　林氏府的后花园，是鼓浪屿的别墅庭园中文化氛围最浓的一处。菽庄出身于官宦富绅的书香门第，台湾板桥别墅是一座档次极高的园林，他随父定居鼓浪屿后，其父维源就精心构筑新居的后花园，除自赏外还邀友共赏，颇为繁盛。随着时代的变迁和人事的沧桑，如今莲池已涸，水榭已废，月牙亭只剩几根残柱，当年的小香樟和飞来攀枝花都长成参天大树，整个花园满地荒草，寻不到当年的繁华了。倒是邻近的黄荣远堂，其水池假山，亭榭花径，如今虽已陈旧，但模样依旧，仍能领略到当年主人呼朋唤友的热闹气氛。
　　杨家园庭园的假山还在，树木扶疏，多项生活功能设施一应俱全。当年，鼓浪屿没有自来水，只能依靠地下水，所以家家打井，用以饮食、盥洗、冲凉、浇花、消防、冲厕、洗地板，夏天游海归来冲洗都用井水。杨家园除挖有水井外，还在别墅的天台和底层建有大水池，蓄积雨水以备用，这是鼓浪屿别墅中供水系统最齐全最先进的，在今天也可算是高水平的。